化学物質過敏症は、中毒、アレルギーとは異なる概念の疾患であるとされる。また、住宅内の揮発性有機化合物(VOC)が原因の一つとされるシックハウス症候群とは化学物質による健康被害という点で混同される場合があるが、シックハウス症候群は単一の疾病を示す用語ではなく「住宅に由来する様々な健康傷害の総称」とされるため、両者は異なった概念であると考えられる。
厚生労働省は有識者からなる「室内空気質健康影響研究会」を2003年5月から10月にかけて３回にわたりを開催し、用語の検討や化学物質過敏症についての見解の整理を行っている。[1]その中では、日本国内において化学物質過敏症と診断された症例の中には、既存のアレルギー等の疾病概念で病体の把握可能な患者が少なからず含まれており、化学物質過敏症がMCS（微量化学物質による非アレルギー性の過敏状態）とは異なる概念である事を示している。また、化学物質の関与が明確ではないにも関わらず、臨床症状と検査所見の組み合わせのみから化学物質過敏症と診断される傾向があることを指摘している。また、MCSについても診断基準が専門家の間での合意を得られていないとしている。しかしながら、非アレルギー性の過敏状態としてのMCSについては決定的な病態解明には至っていないが、環境中の種々の低濃度化学物質に反応し、非アレルギー性の過敏状態の発現により、精神・身体症状を示す患者が存在する可能性は否定できないとしている。
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環境省が平成9年度より研究班を設置して、二重盲検法による疫学調査を行っているが、平成16年の報告[2]では原因化学物質の一つとされている微量ホルムアルデヒドの暴露と症状の間に関連は見られないという結果が出ている。